Susunan Organisasi Dinas Peternakan berdasarkan Peraturan Daerah Nomor19 Tahun 2008 terdiri dari :

Sekretariat, terdiri dari 3 (tiga) Sub Bagian:

1. Sub Bagian Program
2. Sub Bagian Administrasi Umum dan Perlengkapan; dan
3. Sub Bagian Keuangan dan Kepegawaian

Bidang Usaha Ternak dan Pengolahan Hasil, terdiri dari 2 (dua) seksi:

1. Seksi Usaha Peternakan dan
2. Seksi Pengolahan, Promosi dan Pemasaran

Bidang Pengembangan Peternakan, terdiri dari 2 (dua) seksi:

1. Seksi Bibit, Pakan dan Teknologi Peternakan dan
2. Seksi Budidaya dan Perwilayahan

Bidang Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner terdiri dari 2 (dua) seksi

1. Seksi Pengamatan, Pencegahan dan Pemberantasan Penyakit Hewan dan
2. Seksi Kesehatan Masyarakat Veteriner